Nei dipinti di Leonardo si avverte l’eco delle tematiche discusse nel Codice Leicester. Le stratificazioni rocciose della Vergine delle Rocce evocano i processi di sedimentazione illustrati nel Codice, mentre la colorazione azzurra del cielo rinvia alla spiegazione di quel fenomeno come effetto dell’impatto dei raggi solari sugli atomi di acqua evaporata sul fondo scuro del cielo. Il processo dal quale deriva la luce cinerea della Luna è utilizzato per visualizzare la luminosità secondaria nel volto della Ginevra de’ Benci e nella Sant’Anna, la Vergine e il Bambino con l’agnellino. Il riverbero delle sue concezioni scientifiche traspare evidente anche nel paesaggio sul quale si staglia il volto dal sorriso elusivo di Monna Lisa, che offre un compendio delle teorie geologiche di Leonardo: montagne nelle quali risultano evidenti le stratificazioni generate in tempi lunghissimi; laghi formati da fiumi che incontrano ostacoli nel loro corso; una natura segnata, come il volto di un vecchio, dall’azione incessante degli elementi.