莱昂纳多在1496年到达米兰之后，卢卡·帕乔利修士就成为他的朋友，以及数学和几何领域内的老师。卢卡·帕乔利帮助他理解欧几里得的翻译成白话文的《几何原本》，而且莱昂纳多也参与了卢卡·帕乔利的《神圣比例》（为其绘制了奇妙的多面体）和新版的《几何原本》。
莱昂纳多·达·芬奇 “马德里抄本” II 1493年，1503-1505年 马德里，西班牙国立图书馆，Ms. 8936，f. 78r 复本
该抄本是于1503年和1505年期间在佛罗伦萨编订，介绍了与比萨战争有关的记录、绘图，阿诺河改道计划，有关应用几何学、立体几何学、绘画、视学、透视法、建筑学的笔记（最后一份笔记则是在后来增加的，日期为1493年）。在这一《杂录》中，莱昂纳多所提到的书籍，还包括了弗兰切斯科·乔治第二次编订的欧几里得的《几何原本》、卢卡·帕乔利的《算术总论》（它是绘制树木比例的资料来源）（f.78r, cf. Summa, f.82r）。
《几何原本》
“马德里抄本” II
