Il padiglione riservato al ministero della Guerra disponeva di una sala centrale e di due ali. Nella sala centrale furono sistemate le armi da fuoco portatili e l'artiglieria, disposte secondo un ordine cronologico progressivo. Una delle due ali era dedicata al Genio militare, e fu allestita grazie alle fotografie fornite dal Museo del Genio militare di Castel Sant'Angelo. L'altra ala, infine, fu dedicata alla medicina da campo.
